กระบวนการอุทธรณ์ภาษีเริ่มต้นจริงตั้งแต่ขั้นตอน การตรวจสอบ (Audit) ซึ่งมักเริ่มด้วยหนังสือเชิญพบหรือหมายเรียกตามมาตรา 19 แห่งประมวลรัษฎากร เพื่อขอเอกสารบัญชีและภาษีมาตรวจสอบ โดยหมายเรียกต้องออกภายในสองปีนับแต่วันที่ได้ยื่นรายการ เว้นแต่มีหลักฐานหรือเหตุอันควรสงสัยว่ามีเจตนาหลีกเลี่ยงภาษีอากร หรือเป็นกรณีจำเป็นเพื่อประโยชน์ในการคืนภาษีอากร อธิบดีอาจอนุมัติให้ขยายเวลาได้ แต่ไม่เกินห้าปี
ขั้นตอนนี้สำคัญมากเพราะเป็นโอกาสที่ดีที่สุดในการ ชี้แจงข้อเท็จจริง และ นำเสนอหลักฐาน ก่อนที่เจ้าหน้าที่จะออกหนังสือแจ้งประเมิน หากเอกสารชี้แจงมีน้ำหนักเพียงพอ อาจหลีกเลี่ยงการออกใบประเมินได้ทั้งหมด การให้ที่ปรึกษากฎหมายภาษีอากรร่วมเตรียมคำชี้แจงตั้งแต่ขั้นนี้จึงเป็นประโยชน์อย่างยิ่งในทางปฏิบัติ
เมื่อได้รับหนังสือแจ้งการประเมิน (ใบแจ้งการประเมิน) ควรตรวจสอบรายละเอียดเหล่านี้ทันที
ตามมาตรา 30 แห่งประมวลรัษฎากร ผู้ได้รับหนังสือแจ้งการประเมินต้องยื่นอุทธรณ์ต่อ คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ณ สำนักงานสรรพากรพื้นที่ที่รับผิดชอบ ภายใน 30 วันนับแต่วันได้รับหนังสือ เว้นแต่กรณีที่มาตรา 21 หรือมาตรา 25 ห้ามอุทธรณ์ เพราะไม่ปฏิบัติตามหมายเรียกหรือคำสั่งของเจ้าพนักงาน หรือไม่ยอมตอบคำถาม โดยไม่มีเหตุผลอันสมควร คำอุทธรณ์ต้องทำตามแบบที่อธิบดีกำหนดตามมาตรา 28 และต้องระบุ
ข้อควรระวัง: กำหนดเวลาอุทธรณ์ 30 วันเป็นกำหนดเวลาตามกฎหมาย คำอุทธรณ์ที่ยื่นเมื่อพ้นกำหนดอาจไม่ได้รับการพิจารณา มาตรา 3 อัฏฐ แห่งประมวลรัษฎากร เปิดช่องให้อธิบดีขยายหรือเลื่อนกำหนดเวลาได้เมื่อผู้มีหน้าที่มิได้อยู่ในประเทศไทยหรือมีเหตุจำเป็นจนไม่สามารถปฏิบัติตามกำหนดเวลาได้ และอธิบดีพิจารณาเห็นสมควร ซึ่งไม่ใช่สิทธิที่เกิดขึ้นโดยอัตโนมัติ จึงควรยื่นอุทธรณ์ภายในกำหนดเสมอ กำหนดเวลาและช่องทางอุทธรณ์ที่ใช้กับแต่ละกรณี และผลของการอุทธรณ์ต่อหน้าที่เสียภาษี อธิบายไว้ที่ หน้าอุทธรณ์การประเมินภาษีอากร
ระหว่างที่คดีอยู่ในชั้นคณะกรรมการอุทธรณ์ หน้าที่ชำระภาษีตามการประเมินยังคงมีอยู่ เพราะมาตรา 31 แห่งประมวลรัษฎากรบัญญัติว่าการอุทธรณ์ไม่เป็นการทุเลาการเสียภาษีอากร เว้นแต่จะได้รับอนุมัติจากอธิบดีให้รอคำวินิจฉัยอุทธรณ์หรือคำพิพากษา ผู้อุทธรณ์จึงอาจยื่นคำขอ ทุเลาการเสียภาษีอากร หรือขอ ผ่อนชำระ ต่ออธิบดีกรมสรรพากรตามหลักเกณฑ์ที่กรมสรรพากรกำหนด ซึ่งอยู่ในดุลพินิจของอธิบดี
อย่างไรก็ตาม เงินเพิ่ม 1.5% ต่อเดือนหรือเศษของเดือนตามมาตรา 27 (ไม่เกินเงินภาษีที่ต้องชำระ) ยังคงคำนวณต่อเนื่องจนถึงวันชำระ เว้นแต่อธิบดีอนุมัติให้ขยายกำหนดเวลาชำระภาษีและได้ชำระภายในกำหนดที่ขยายให้ ซึ่งมาตรา 27 วรรคสอง ลดเงินเพิ่มลงเหลือ 0.75% ต่อเดือนหรือเศษของเดือน ดังนั้นหากประเมินสถานการณ์แล้วมีโอกาสแพ้ การชำระภาษีบางส่วนเพื่อลดเงินเพิ่มอาจเป็นกลยุทธ์ที่ดีกว่าการรอผลอุทธรณ์
ตามมาตรา 30 (1) แห่งประมวลรัษฎากร กรณีเจ้าพนักงานประเมินซึ่งมีสำนักงานอยู่ในกรุงเทพมหานคร คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ประกอบด้วยอธิบดีหรือผู้แทน ผู้แทนกรมอัยการ และผู้แทนกรมการปกครอง ส่วนในจังหวัดอื่นประกอบด้วยผู้ว่าราชการจังหวัดหรือผู้แทน สรรพากรเขตหรือผู้แทน และอัยการจังหวัดหรือผู้แทน โดยกระบวนการพิจารณาจะ
ระยะเวลาพิจารณาของคณะกรรมการแตกต่างกันไปตามความซับซ้อนของประเด็นและเอกสารในแต่ละเรื่อง ผู้อุทธรณ์ควรปฏิบัติตามหมายเรียกหรือคำสั่งตามมาตรา 32 ให้ครบถ้วน เพราะมาตรา 33 บัญญัติว่าผู้อุทธรณ์ที่ไม่ปฏิบัติตามโดยไม่มีเหตุอันสมควรหมดสิทธิอุทธรณ์คำวินิจฉัยอุทธรณ์ต่อไป
หากผลการอุทธรณ์ในชั้นคณะกรรมการไม่เป็นที่พอใจ ผู้อุทธรณ์มีสิทธิ อุทธรณ์คำวินิจฉัยอุทธรณ์ต่อศาลภาษีอากรกลาง ภายใน 30 วันนับแต่วันได้รับแจ้งคำวินิจฉัยอุทธรณ์ ตามมาตรา 30 (2) แห่งประมวลรัษฎากร ประกอบมาตรา 8 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ. 2528 ซึ่งกำหนดให้ฟ้องคดีได้ต่อเมื่อได้ปฏิบัติตามขั้นตอนอุทธรณ์และได้มีการวินิจฉัยชี้ขาดคำอุทธรณ์เสร็จสิ้นแล้ว ข้อควรคำนึงในทางปฏิบัติ
ศาลภาษีอากรกลางพิจารณาคดีโดยผู้พิพากษาที่เชี่ยวชาญด้านภาษีอากร ซึ่งทำให้การนำเสนอข้อกฎหมายภาษีมีความสำคัญมาก การเตรียมข้อกฎหมายและพยานหลักฐานอย่างเป็นระบบโดยผู้เชี่ยวชาญการดำเนินคดีภาษีอากรจึงมีผลต่อการพิจารณาคดีอย่างมาก ขั้นตอนในชั้นศาล ตั้งแต่เงื่อนไขก่อนฟ้อง การยื่นคำฟ้อง จนถึงการพิจารณาคดี อธิบายไว้แยกใน คู่มือการฟ้องคดีต่อศาลภาษีอากรกลาง
หากผลคดีในศาลภาษีอากรกลางยังไม่เป็นที่พอใจ คู่ความอาจอุทธรณ์ต่อ ศาลอุทธรณ์คดีชำนัญพิเศษ ตามมาตรา 24 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรฯ ซึ่งนำประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่งมาใช้โดยอนุโลม และการฎีกาคำพิพากษาของศาลอุทธรณ์คดีชำนัญพิเศษต่อ ศาลฎีกา เป็นไปตามมาตรา 26 ซึ่งนำหลักเกณฑ์ของประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่งมาใช้ รวมถึงระบบที่การฎีกาต้องได้รับอนุญาตจากศาลฎีกา
คำพิพากษาศาลฎีกาในคดีภาษีอากรมีคุณค่าสูงในแง่ บรรทัดฐาน (Precedent) แม้ว่าระบบกฎหมายไทยจะไม่ใช่ระบบ Common Law ก็ตาม แต่ในทางปฏิบัติ คำพิพากษาฎีกาด้านภาษีมักถูกอ้างอิงโดยทั้งกรมสรรพากรและฝ่ายผู้เสียภาษีในคดีที่มีข้อเท็จจริงคล้ายกัน
จากประสบการณ์ในวิชาชีพกฎหมายกว่า 25 ปี ข้อผิดพลาดที่พบบ่อยและอาจกระทบต่อสิทธิของผู้เสียภาษี ได้แก่
แจ้งประเด็นที่ต้องการให้พิจารณา พร้อมหนังสือจากหน่วยงานหรือกำหนดเวลาที่เกี่ยวข้อง (ถ้ามี) สำนักงานจะแจ้งว่าต้องใช้ข้อมูลใดเพิ่ม และแจ้งขอบเขตงานกับค่าบริการก่อนเริ่มงาน